Au plan national (partenaire), le PRASAC est représenté par un dispositif de coordination de ses activités : la Délégation nationale. Celle -ci rassemble les ressources humaines impliquées dans les activités du PRASAC à savoir : chercheurs, universitaires, cadres de projets de développement et des organisations non gouvernementales (ONG), représentants des organisations professionnelles agricoles (OPA). Outre cette Délégation nationale, il existe un organe de concertation, le Comité recherche-développement (CRD) qui regroupe annuellement les différents partenaires (recherche, développement, société civile, etc..) dans un but d’évaluation et de programmation.

Au plan régional, la coordination scientifique régionale (Direction scientifique) s’appuie sur des animations thématiques régionales et un Conseil scientifique (organe consultatif du CA).

 La Direction Générale du PRASAC, basée à N’Djaména au Tchad, est placée sous la responsabilité d’un Directeur Général, assisté d’un Directeur scientifique et d’un Directeur Administratif et Financier. Cette structure qui s'adapte au contexte des projets spécifiques que le PRASAC est susceptible d’abriter, rend compte devant le Conseil d'Administration ou bien le Comité de pilotage au sein duquel la CEMAC, le CORAF et tous les partenaires scientifiques, techniques et financiers sont représentés.